延暦15年(796)に坂上田村麻呂が東征の途上に、
この地で観音の夢を見たことから池のほとりに草を結んで屋根をつくり、
如意輪観音像を安置したと伝えられる。
田村麻呂は陸奥平定の後、この地に堂宇と庵室を建立した。

寿永4年(文治元年、1185)、源平の戦乱を逃れてきた京都仁和寺の法親王が、
善願寺に隠れ住んだと伝えられる。
永正元年(1504)には舜海法印が伽藍を整えた。

享保20年(1735)、銅造盧舎那仏坐像が建立された。
この像は別名「宇都宮大仏」「大豆三粒の金仏」と呼ばれている。

当時の住職である栄鈷和尚が大仏建立を思い立ち、浄財を求めたがなかなか集まらなかった。
困っていた時に、一夜の宿を貸した旅の僧から三粒の大豆をもらった和尚は、
これを増やして信者に分けながら利益を作り、資金を貯めて大仏建立を成就したと伝えられる。

当時の宇都宮の経済力、工業技術力を象徴するものとして、
歴史的な価値も大きい。

江戸末期の戊辰の役や、昭和20年(1945)第二次世界大戦の戦火によって、
銅造盧舎那仏と本尊以外のすべてが焼失。
その後平成10年までのあいだに全てを再建した。