月蔵寺の創立は未詳だが、江戸期以前にさかのぼれることは間違いない。
日光山妙道院の末寺で、本尊は木造阿弥陀如来立像である。

境内の薬師堂では、5月第3日曜日に花まつりが行なわれる。
また飛び地境内にある野口薬師堂(5月第3土曜日に花まつり)や、
瀬川大日堂(1月7日に縁日)、行川観音堂(8月9日に縁日)などが同寺の管理である。

月蔵寺は、彦根藩主が日光参詣の折に宿坊として利用。
安政の大獄や桜田 門外の変で知られる大老井伊直弼は、
生涯に3度宿泊したことが記録に残されている(参詣はいずれも大老就任前と考えられている)。

そのため寺には現在も彦根藩と関わる物が多く残されている。
井伊家所有の挟箱や、嘉永5年(1852)に新調した御椀類などである。
また、井伊直弼の位牌も納められており、関わりの深さがうかがわれる。

現在の本堂は平成6年(1994) に建て直されたもの。
円空作の焔魔王坐像は、古くより野口薬師堂に安置されていた。
平成14年の調査で円空作とわかり、
管理のため小杉放菴記念日光美術館に展示され ることとなった。
円空作の焔魔王坐像は、他に例がないといわれる。

薬師堂横には子育て地蔵などもあり、人々に親しまれている。