圓林寺は嘉祥元年(848)に慈覚大師円仁により、
現在の真岡市横田(旧・二宮町横田)に開基された。

本尊の木造薬師如来坐像は、旧南河内町の薬師寺講師、仲継上人が
同寺へ転住した後の天安2年(858)、薬師堂を建立した際に自ら彫刻したもの。
胎内には、慈覚大師による唐土伝来の佛牙舎利が腹籠されている。

仲継上人は鑑真和上の法嗣である雲恵律師の弟子であり、
兼学識達の誉れ高く、文徳天皇の勅命によって薬師寺講師に任じられていた。

この佛牙舎利にちなんで、院号を「佛牙院」と称していたが、
世人の眼疾を治してくれる仏様として知られるようになり、
現在の「佛眼院」になったといわれている。

その後一時衰微したが、弘安元年(1278)に亮珍大僧都が入寺し、
荒廃していた寺を復興して中興第一世と称せられた。
当時、末寺50余寺を有するに至ったとも伝えられている。

永禄4年(1561)、守護職宇都宮広綱と、
真岡城主芳賀左衛門高定により現在地に移転した。

寛永4年(1627)に真岡藩主に封じられた稲葉正成が同寺に帰依信仰、
寺領の寄進なども行ったことで、従来からの寺領も含め3石、末寺21寺を有する、
この地方希有の大寺として、明治維新まで連綿と続いて行った。

宝暦3年(1753)に堂塔伽藍を再建し、木造阿弥陀如来坐像を本尊として安置した。
しかし慶応元年(1865)火災にあって本尊2体を残しすべてを焼失した。

慶応4年(1868)に本堂兼用の庫裡を建立し、大正9年(1920)には現在の本堂が再建された。

平成6年(1994)慈覚大師生誕1200年に、
木造釈迦如来立像を請来して一隅研修会館を建立した。
現在は薬師如来・阿弥陀如来・釈迦如来の3体の本尊を有している。