長榮寺は小山市にある慈覚大師円仁開基の寺である。

同寺に伝わる「小薬郷三薬師略縁起」によれば、
嘉祥3年(850)に慈覚大師円仁は、弟子の長榮・常済を伴って下野国室の八島に来たところ、
光る老木を見つけて歓喜し、一刀三礼して3体の薬師如来を彫刻したという。

これが三薬師の由来であり「小薬」の地名もここから出たと伝えられている。
そして一宇を建立し、弟子の長榮を住職とした。

第5世の真海和尚の時代には、平将門の乱に遭遇した。
古伝によればこの時真海僧都は調伏のために祈願したため、
勝利を得た藤原秀郷が朝廷に奏聞し田園若干を賜ったとある。

江戸時代には御朱印地20石を賜り隆盛していたが、
文化9年(1812)に火災にあって堂宇を焼失した。

現在の堂宇はこの火災の後、
文化4年(1817)に第48世周栄によって再建されたものである。

本尊は釈迦如来、仏像では他に元三大師坐像(非公開)が安置されている。
また金銅板透彫の華籠と収納箱(市文化財)や涅槃図、小薬郷三薬師略縁起などがあり、
いずれも非公開である。

また本堂と山門の他、境外地に薬師堂が3棟ある。
同じ小山市の満願寺の兼務寺となっている。